Le distribuzioni Linux sono normalmente composte da pacchetti (packages), ed ognuno di essi contiene una specifica applicazione o componente: ad esempio, ci possono essere pacchetti contenti una libreria per la gestione di un formato di immagini, oppure una serie di font, oppure un browser web così come un qualsiasi altro programma. Un pacchetto è normalmente fornito come codice compilato, e la sua installazione o rimozione è gestita in maniera più sofisticata rispetto ad un semplice programma di archiviazione come tar. Il programma preposto a queste funzioni è detto il sistema di gestione dei pacchetti (package management system o PMS) della distribuzione. Ogni pacchetto dedicato ad un PMS contiene delle meta-informazioni come descrizione, versione, dipendenze, ecc. Il sistema di gestione dei pacchetti tiene in considerazione queste meta-informazioni per permettere ricerche, aggiornamenti automatici a versioni più aggiornate, per controllare che tutte le dipendenze di un pacchetto siano soddisfatte e/o soddisfarle automaticamente.

Distribuzioni diverse hanno gestori di pacchetti diversi, ed i principali sono:

* RPM : adesso RPM Package Manager, ma in origine Red Hat Package Manager, originariamente introdotto da Red Hat ma adesso usato in molte distribuzioni.

* deb – Debian package, originariamente introdotto da Debian ma anche usato da altri come Knoppix e Ubuntu.

* .tgz o tar.gz : standard tar + gzip, a volte con ulteriori file di controllo — usato da Slackware ed altri, o a volte per la distribuzione di pacchetti molto semplici “fatti in casa”.

* ebuild : file contente informazioni su come ottenere, compilare ed installare un pacchetto nel sistema Portage di Gentoo Linux attraverso il comando emerge. Tipicamente queste sono installazioni basate sulla compilazione di sorgenti, nonostante anche alcuni pacchetti binari possano essere installati in questo modo.

* recipe – file contente informazioni su come ottenere, decomprimere, compilare ed installare un pacchetto nella distribuzione Gobo Linux. Questo sistema è simile a quello di Gentoo ma più povero di funzionalità.

* Autopackage – il gestore in rapido sviluppo che mira a creare un sistema di installazione indipendente ed uguale per tutte le varie distribuzioni Linux.

È presente inoltre la possibilità di compilare in proprio le applicazioni direttamente dal sorgente disponibili, qualora non siano disponibili i binari precompilati. Sebbene la compilazione spesso comporti alcune difficoltà, l’applicazione mostrerà un incremento delle prestazioni. Seguendo questa logica alcune distribuzioni (es. Gentoo) offrono la possibilità di compilare l’intero sistema operativo.